Instalasi Rawat Inap tersedia bagi pasien yang membutuhkan pelayanan kesehatan yang berkelanjutan, Instalasi Rawat Inap siap memberikan perawatan medis secara efektif dan efisien. Ruang Rawat Inap RSU Muder Ignacia memiliki 3 kelas perawatan, antara lain : kelas I, kelas II, dan kelas III dilengkapi dengan 24 tempat tidur yang terbagi atas Ruang Perawatan Dewasa, Ruang Perawatan Anak, dan Ruang Perawatan Kebidanan.

Ruang perawatan yang ada di RSU Muder Ignacia Kabupaten Timor Tengah Selatan, antara lain :

• Ruang MOTHER CONCEPCIO
• Ruang MOTHER DOMINGGA
• Ruang MOTHER ROSARIO
• Ruang MOTHER EVEGENIA
• Ruang MOTHER JOSEPINA
• Ruang MOTHER MONTEDJO
• Ruang MOTHER VALERIANA
• Ruang MOTHER VENANCIA